Το Κέντρο Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης Ιθάκης ιδρύθηκε το 2002 με την υπ’ αριθμ. 72942/Γ2/11-07-2002 Υπουργική Απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων που δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 909 τΒ΄/17-07-2002 σε συνεργασία με το Δήμο Ιθάκης και έπειτα από την με αρ. πρωτ. 463/08-04-1996 και υπ’ αριθμ. 63 απόφαση Δημοτικού Συμβουλίου Ιθάκης με θέμα «Πρόταση του συνδυασμού Ιθάκη – Αναγέννηση για την ίδρυση Κέντρου Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης στην Ιθάκη». Άρχισε να λειτουργεί το 2008 έπειτα από στελέχωση του σύμφωνα με την με αρ. πρωτ. 1786/20-06-2008 Προκήρυξη της Περιφερειακής Διεύθυνσης Α/θμιας & Β/θμιας Εκπαίδευσης Ιονίων Νήσων με θέμα «Πλήρωση κενών θέσεων στα Κ.Π.Ε. της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων».

Αρχικά και για το σχολικό έτος 2008-09 στεγάστηκε σε αίθουσα που του παραχωρήθηκε από το Δημοτικό Σχολείο στο Βαθύ Ιθάκης. Από το Σεπτέμβριο του 2009 στεγάζεται στο Δημοτικό Ξενώνα «Οδυσσέας» κτίριο 515 τ.μ που με Σύμβαση μεταξύ ΥΠΕΠΘ και Δήμου Ιθάκης παραχωρείται για 15ετή χρήση ως Κ.Π.Ε. Την οικονομική διαχείριση του Κ.Π.Ε. έχει το Εθνικό Ίδρυμα Νεότητας. Το Υπουργείο Παιδείας χρηματοδοτεί το Κέντρο μέσω του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης και παρέχει το εκπαιδευτικό προσωπικό.

Τα Κέντρα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης είναι ένας θεσμός που αριθμεί δεκαετίες στη χώρα μας και απαντούν με ανθρώπινη διάσταση και κοινωνική αντίληψη στο κοινωνικό αίτημα για την αντιμετώπιση της οικολογικής κρίσης. Είναι προσανατολισμένα στη διερεύνηση και στην προσπάθεια επίλυσης των περιβαλλοντικών – οικολογικών προβλημάτων δίνοντας τη δυνατότητα σε όλους τους εμπλεκόμενους να συνειδητοποιήσουν τα περιβαλλοντικά προβλήματα, να κατανοήσουν τις αιτίες δημιουργίας τους και να προχωρήσουν στην αντιμετώπιση και επίλυση αυτών των προβλημάτων. Σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο που τα καθιερώνει λειτουργούν αποτελώντας μια δομή του εκπαιδευτικού συστήματος που έχει ως στόχο τη στήριξη της Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης ακολουθώντας τις Βασικές Αρχές της:
1) Η διεπιστημονική και διαθεματική προσέγγιση του θέματος/προβλήματος.
2) Η έμφαση στην ενεργό συμμετοχή των μαθητών και τη χρήση ενεργητικών μεθόδων: συζήτηση – αντιπαράθεση απόψεων, έρευνα, κριτική επεξεργασία και δράση.
3) Ο προσανατολισμός στην πρόληψη ή επίλυση περιβαλλοντικών θεμάτων ή προβλημάτων.
4) Η εστίαση στην αειφόρο διαχείριση και ανάπτυξη του περιβάλλοντος.
5) Η εστίαση της προσοχής στην παρούσα αλλά και την μελλοντική κατάσταση του προβλήματος.
6) Η άμεση δράση σε τοπικό επίπεδο με στόχο μακροχρόνια αποτελέσματα σε εθνικό αλλά και παγκόσμιο επίπεδο.
7) Η ευαισθητοποίηση στην ορθολογική χρήση των φυσικών πόρων και την «ορθή χρήση» της Τεχνολογίας.
8) Η παροχή ίσων ευκαιριών για την απόκτηση γνώσεων, δεξιοτήτων, αξιών και στάσεων που χρειάζονται για την προστασία του Περιβάλλοντος.
9) Η ανάδειξη συνεργασίας, καλλιέργειας αξιών και δημιουργίας νέων προτύπων, στάσεων και συμπεριφορών ατόμων, ομάδων και κοινωνίας απέναντι στο περιβάλλον.
10) Το άνοιγμα στην κοινωνία και τη ζωή.